自然生態保護
生物多樣性保護
圍繞區域物種資源保護、管理及可持續開發利用，在江蘇省內鹽城、南通等沿海灘涂區域，盱眙、金壇、溧陽等內陸丘陵區域，以及洪澤湖、太湖等淡水濕地區域，開展區域生物多樣性調查、評估和監測，獲取區域生物多樣性本底現狀，特別關注瀕危物種、有經濟價值物種的受威脅狀況和保護成效，外來入侵物種的分布及種群發展趨勢，有針對性地提出保護或治理對策，為全省生物多樣性保護和生態安全保障提供有力的技術支撐。
重點研究方向：
區域陸生野生動物資源調查
重點保護植物和有經濟價值植物資源調查
外來入侵物種調查及監測預警和綜合防控研究
濕地灘涂水鳥在線監控系統研發
淡水水生態在線監控系統研發
主要研究成果：
華東地區快速城市化背景下的典型丘陵區生物多樣性保育研究
鹽城市生物多樣性調查及5條主要河流淡水水生生物多樣性調查
南通沿江三縣兩區（如皋、海門、啟東、崇川、港閘）生物多樣性調查
江蘇沿海海上風電對濕地珍禽影響的跟蹤調查研究
金壇市生物多樣性保護研究
借助紅外相機開展生物多樣性調查
我院在鹽城大豐灘涂濕地利用紅外相機發現的野生豹貓
損害生境修復
圍繞各類因自然災害、上游及周邊區域自然本底條件變化或人類不合理的開發建設活動等原因導致生境受到損害的沿海灘涂、內陸湖泊、河道溝渠等，開展生態修復研究和實踐，不僅致力于解決水體黑臭問題、改善水環境質量，而且充分利用各類本地資源，采用減緩、補償、重建等多種手段恢復生境原有生物群落，使其重新擁有較為穩定的生態系統，具備自凈、自持、自新能力，可繼續為各類珍稀瀕危物種提供棲息地、產卵場和覓食地，保障區域生態安全。
重點研究方向：
沿海灘涂濕地珍禽棲息地生態修復；
黑臭河道生態修復；
藻型淡水湖泊濕地生態修復。
研究成果：
淮河流域水質改善與水生態修復技術研究與綜合示范（國家水專項）
太湖入湖河流——望虞河西岸清水廊道構建和生態保障技術研發與工程示范（國家水專項）
南黃海輻射沙洲開放式養殖區珍禽棲息地保護與利用協調發展機制研究；
江蘇沿海灘涂區典型光伏發電和風電場生態影響后評估與生態修復模式研究；
典型閘控泄洪河道生態修復模式研究。
我院設計的光伏發電場生境修復方案效果圖
生境修復區竣工后來區內越冬的丹頂鶴家庭
自然保護區科研與管理
圍繞華東地區特別是江蘇省內各級自然保護區，開展長期生態觀測，重點研究保護區多年生境演變驅動力及其與野生動物、特別是候鳥種群組分和數量之間的關聯關系，揭示其中規律性內容，為科學規范的管理保護區提供智力支撐。
研究成果：
江蘇鹽城國家級珍禽自然保護區南緩沖區生境提升模式研究；
高速鐵路穿越華東地區森林自然保護區的生態影響及減緩措施研究；
傳統農業生產（種植業、水產養殖業和畜禽養殖業）對灘涂型自然保護區的生態影響途徑研究；
徐州市賈汪大洞山森林生態系統市級自然保護區科考報告、總體規劃和范圍調整論證研究。
與鹽城珍禽保護區聯合開展東沙實驗區濕地水鳥觀測
鹽城珍禽保護區河道生境提升模式之棲息地營造